През 1738 г. турският султан дава амнистия на „прегрешилите българи” . Тогава започва новото заселване на Чипровци, където се връщат само православните. Католиците се заселват в областта Банат в Централна Европа. Потомците им сега са пръснати по света, но въпреки това и днес имат българско самосъзнание и мнозина от тях често посещават прародината си.
От началото на 18-ти век пламъкът на знанието се поддържа във възстановения през 1703 г. Чипровски манастир „Св. Иван Рилски”, който има връзка с Рилския манастир и с Русия. (През 1802 г. руският император му дарява богато украсено евангелие.) Изследователят Димитър Маринов (19-ти век) изказва предположение и за връзки със светогорските манастири. Методиката на обучение обаче е идвала от Рилския манастир.
През 19-ти век функционирането на манастира като просветен център значително намалява, тъй като по селата вече има грамотни хора (не само попове), които обучават децата по места. Това е времето, когато двете Руско-турски войни – от 1806-1812 г. и 1828-1829 г., както и сръбското освободително движение засилват революционния подем в Чипровския край. Манастирът става сборен пункт на недоволните българи. В период от 70 години той е нападан, ограбван и опожаряван от турците шест пъти. Последното нападение (1876 г.) е най-разрушителното. Чипровският краевед Ставри Попов е негов съвременник, който съобщава, че са изгорени книгите в храма и част от иконостаса, а очите на светиите по стените са избодени с ножове. Тогава е изгорена и ръкописната псалтика, осигурявала особеното манастирско пеене. Този погром е и окончателният залез на манастира като просветно средище.