Многобройните писма до Рим дават сведения за програмата на първото училище, което е било църковно, но със светски характер. В началото се споменава, че децата се учат да четат и пишат, а вероучението е задължително. През 1635 г. с построяването на специална сграда учениците са разделени по класове като по-големите учат словестност (граматика). Ето какво съобщава учителят Иван Лилов: „Нека се знае, Ваше превъзходителство, че това училище са всъщност четири училища или класове. Аз ги уча всеки ден от сутринна молитва, чак до вечерня, на два вида азбука – да четат и пишат, да смятат, катехизиса и християнската молитва, и разни други полезни неща за децата от града.” Ако продължим с неговите думи, трябва да кажем, че на учениците в Чипровец се преподава, както „насред Рим”.
Учебниците в чипровското училище са същите, както в босненските францискански училища. Те са печатани в Италия.

Най-напред се изучават Абецедерите и букварът - „ Азбуквиняк словенски”, чийто автор е хърватинът Рафаел Левакович. (По редица причини обучението се е провеждало на илирийски език, който всъщност е хърватски със силни български и сръбски примеси.) След изучаването на буквара следва „Граматика илирика” от Емануил Алвари, сметанка и още „Християнска доктрина”. Катехизис се изучава по учебника „Наук кристиянски критак”, издаден в Рим през 1628 г. В писмата за доставяне на учебници се споменават още „Месал илирику”, „Вероучение за младежта”, „Ритуали на славянски”, латински, илирийски и турски речници.
Всеки българин, тръгвайки от Вечния град, не се е връщал без да донесе учебници. Наред с тях в списъците с книги фигурира и първата печатна книга на новобългарски език „Абагар” на Филип Станиславов.